Gospodarowanie metodami ekologicznymi jest trudniejsze i wiąże się z większymi nakładami pracy niż w przypadku rolnictwa konwencjonalnego. W założeniu takiego gospodarstwa moga pomóc środki z Unii Europejskiej.

Rolnictwo ekologiczne jest to naturalny, biologiczny sposób uprawy roślin i chowu zwierząt oparty na podglądaniu i naśladowaniu praw rządzących przyrodą, bez stosowania nawozów sztucznych i chemicznych środków ochrony roślin. Jego celem jest produkcja żywności wysokiej jakości oraz ochrona środowiska przyrodniczego. Uprawa roślin oparta jest tutaj na zróżnicowanym płodozmianie, nawozach naturalnych, preparatach biologicznych oraz naturalnych metodach ochrony przed chorobami i szkodnikami. Zwierzęta muszą być żywione paszami gospodarskimi i utrzymywane w warunkach, które odpowiadają ich naturalnym potrzebom.

Biorąc pod uwagę tylko sposób uprawy, wielu rolników, zwłaszcza posiadających małe rodzinne gospodarstwa, produkuje metodami naturalnymi. Jednak by można było legalnie sprzedawać produkty jako ekologiczne, trzeba poddać się systemowi kontroli i certyfikacji. Przede wszystkim należy zgłosić się do wybranej jednostki certyfikującej korzystając z formularza „Zgłoszenie działalności w rolnictwie ekologicznym”. Gospodarstwo rolne podlega co najmniej raz w roku kontroli przeprowadzonej pod względem przestrzegania zasad rolnictwa ekologicznego określonych przez odpowiednie akty prawne. Rolnik uzyskuje certyfikat i może sprzedawać swoje produkty jako ekologiczne dopiero po okresie przestawiania, który trwa 2 lub 3 lata. W chwili obecnej istnieje w Polsce 11 jednostek certyfikujących, które działają zgodnie z ustawą z 20 kwietnia 2004 roku o rolnictwie ekologicznym.

Certyfikacja w rolnictwie ekologicznym jest poświadczeniem przez jednostkę certyfikującą, że produkcja podlega stałej kontroli, a produkty spełniają wymogi Rozporządzenia 2092/91. Certyfikat wydawany jest po określonym czasie przestawiania gospodarstwa na rolnictwo ekologiczne. W okresie przestawiania gospodarstwo, po przeprowadzonej przez jednostkę certyfikującą kontroli, działa na podstawie stosownego zaświadczenia wydanego przez jednostkę certyfikującą.

Przestawianie na rolnictwo ekologiczne trwa 24 miesiące przed siewem roślin (w przypadku upraw rocznych oraz w przypadku produkcji zwierzęcej) oraz 36 miesięcy przed zbiorem produktów, w odniesieniu do upraw wieloletnich. Okres przestawiania rozpoczyna się nie wcześniej niż od daty zgłoszenia działalności w rolnictwie ekologicznym.